В 1996—1999 годах руководство Украины ликвидировало 29 стратегических самолётов-ракетоносцев (10 Ту-160, 19 Ту-95МС) и 487 крылатых ракет Х-55, находившихся на вооружении ВВС Украины.

В 1999—2000 годах, в соответствии с межправительственным соглашением, Украина передала России 8 Ту-160, 3 Ту-95МС и 581 крылатую ракету Х-55 в уплату украинского долга за поставленный природный газ на сумму $285 млн[135]. Два ракетоносца Ту-95МС (б/н 31 и 95) были переоборудованы в самолёты-разведчики и поставлены на хранение возле НАРП (Николаевского авиаремонтного предприятия). По одному Ту-160 и Ту-95МС в качестве музейных экспонатов остались в Полтавском музее дальней и стратегической авиации[136]. Также на территории Украины было утилизировано 5 российских Ту-95 (3 Ту-95МС и 2 Ту-95К22), находившихся на авиаремонтном заводе в г. Белая Церковь, согласно «Соглашению между Кабинетом Министров Украины и Правительством Российской Федерации о ликвидации и порядке возврата авиационной техники, находящейся на ремонтных предприятиях Министерства обороны Украины и Министерства обороны Российской Федерации»[137][138].

В 2001 году Украина продала 12 крылатых ракет Х-55 в Иран и 6 единиц в КНР[139]. Об этом стало известно в 2005 году, когда Святослав Пискун, генеральный прокурор Украины, рассказал про сделку британской газете «Financial Times»[140].

В 2002—2006 годах на авиабазах в Николаеве, Полтаве, Прилуках и Белой Церкви было ликвидировано 60 Ту-22М (43 Ту-22М3 и 17 Ту-22М2), состоявших на вооружении ВВС и авиации ВМФ Украины, а также находившихся на базах хранения и авиаремонтных заводах[136]. Также на авиабазе Озёрное было уничтожено 423 авиационные крылатые ракеты Х-22[136]. Для музейной экспозиции было оставлено 4 Ту-22М, из которых один Ту-22М3 находится в Полтавском музее дальней и стратегической авиации, и по одному Ту-22М0, Ту-22М2 и Ту-22М3 — в Государственном музее авиации Украины[136].

В 2004 году на территории Государственного авиационного научно-испытательного центра ВВС Украины (бывшее Управление 8 ГНИИ ВВС им. В. П. Чкалова) был разрезан первый Ту-142, принадлежавший Украине, под наблюдением группы американских специалистов во главе с Уильямом Янгстромом, руководителем «Программы совместного уменьшения угроз на Украине»[141][142]. Ту-142, принадлежавшие Украине, базировались на авиабазе Кульбакино 33-го Центра боевого применения и переучивания ВВС Украины (г. Николаев) и на аэродроме Государственного авиационного научно-испытательного центра ВВС Украины вблизи пгт. Кировское (АР Крым).

К 2007 году на территории Украины было уничтожено 6 дальних противолодочных самолётов Ту-142 и 4 учебно-тренировочных Ту-134УБЛ[2]. Несколько Ту-142 и Ту-134УБЛ остались на Украине в качестве музейных экспонатов: Ту-142 можно увидеть в Государственном музее авиации Украины и Луганском авиационно-технический музее, а Ту-134УБЛ — в Государственном музее авиации Украины и Полтавском музее дальней и стратегической авиации.